《洞洞杂货铺》是一部温馨治愈的都市奇幻漫画，讲述在一条即将被拆迁的老街上，有一家只在深夜开门的神秘杂货铺。铺面极窄极小，像墙上的一个“洞”，故而得名。店主是外表冷漠但内心柔软的年轻男子段澄，他售卖的物品看似寻常——一根羽毛、一枚纽扣、一片碎镜子，却都承载着顾客们遗失的执念与记忆。失业青年余小满误入杂货铺，因能“看见”物品中残留的情感而被段澄留下当帮工。她每天为形形色色的客人寻找能解开心结的“杂物”，也逐渐发现段澄守在这里百年不离开的秘密——他在等一个人，一个用遗忘换取了他永恒的故人。
一位老太太前来寻找丈夫军装上缺失的纽扣，那是她弄丢的定情信物。段澄从仓库最深处取出一枚锈迹斑斑的铜扣，老太太握住扣子的瞬间，看到了丈夫年轻时在战场上对她微笑的模样。她离开后，余小满发现段澄在角落默默擦泪——那枚扣子，是他当年送给那位故人的同款。
叛逆期少女买走一块碎镜子，余小满提醒她“这面镜子会照出你最想逃避的人”。少女回家后从镜中看到母亲深夜偷偷为她缝补校服的身影，瞬间破防。第二天她带着母亲一起来到杂货铺，段澄将碎镜修补完整，镜中映出了两人拥抱的画面。
男人买下一根褪色羽毛，以为能帮助自己向暗恋十年的女孩表白，结果羽毛带他回到了高中时代——女孩曾将一片羽毛夹在他的笔记本里，他却从未察觉。他最终没有表白，而是买下另一片羽毛放在女孩家门口，附言“谢谢你的青春”，然后转身离开了这座城。
拆迁队来到老街，段澄罕见地失控，用结界将杂货铺隐藏起来。余小满发现段澄的执念源于他与故人曾约定“老街不倒，我便等你”。她联合老街上的老住户们，收集了数十年的生活记忆和照片，最终说服了规划局将老街保留为历史风貌区。
一个男孩在雨天跑来，想买一把能“让爸爸回家”的伞。段澄卖给他一把旧黑伞，男孩撑开伞等在巷口，三小时后他的父亲——一位常年跑长途的货车司机——真的提前回来了。原来伞柄里藏着母亲当年写给父亲的平安符，被男孩无意中触动。
余小满在失业加失恋的双重打击下深夜游荡，无意中看见墙缝里透出暖光，弯腰钻进“洞洞杂货铺”。段澄正在擦拭一只老式座钟，头也不抬地问：“想忘记还是想记起？”余小满愣住了，她看着货架上那些普通又奇怪的物件，鬼使神差地说：“我想……重新开始。”